Kai 1569 metų Liublino unijos aktu Lietuva ir Lenkija buvo sujungtos j vieną valstybę, Lietuvai netekus valstybinio savarankiškumo, o bajorijai smarkiai lenkėjant, Lietuvoje net gimtoji kalba buvo paniekinta. Tiesa, tuomet Lietuvą pasiekė iš Vokietijos sklidusios reformacijos sąjūdžio idėjos. Prasidėjo reformacijos šalininkų ir katalikų kovos: kiekviena pusė stengėsi turėti kuo daugiau pritariančių. Siekiant patraukti žmones į savo pusę, tai vienur, tai kitur prie bažnyčių ar vienuolynų pradėtos steigti mokyklos. Mokyta jose, deja, ne gimtąja, o lenkų kalba. Šias mokyklas globojo ir vaikus mokė parapijų klebonai, atsiųsti iš Lenkijos. Lietuvių kunigų dar mažai tebuvo, o atvykėliai lenkai lietuviškai nė nemokėjo. Kaip teigia istorijos šaltiniai, daugiau nei prieš 200 metų 1781-aisiais ir Užpaliuose jau veikė parapijos trijų skyrių mokykla, kurią lankė 27 vaikai. 1797 m. rudenį ir žiemą buvę 53 mokiniai. Mokyklą išlaikęs klebonas Adomas Legavičius. Ši mokykla išsilaikė tik iki 1810 metų. Vėliau vėl buvo atkurta, nes minima 1831 m ir 1863 m. dokumentuose. Numalšinus 1863 m. sukilimą, Lietuvoje caro valdžia uždraudė lietuvišką spaudą lotyniškais rašmenimis, taigi ir mokyklas lietuvių dėstomąja kalba. Apie 1868 m. pastačius Užpaliuose cerkvę, prie jos buvo įkurta rusiška pradinė mokykla. Nuo 1904 m. ji pavadinta dviklase liaudies mokykla (I-III, II-IV kl.).
Užpalėnai nenusileido draudimui. Mokyklą, kur viskas buvo dėstoma rusų kalba, lankė toli gražu ne visi apylinkės vaikai. Tiek Užpalių miestelyje, tiek kaimuose pradėjo veikti slaptos mokyklėles, kuriose mokytojai, vadinami daraktoriais, per žiemą mokydavo po keletą ar net keliolika vaikų, o kartais ir vyresnio amžiaus paauglių. Mokė poterių, katekizmo, skaityti, rašyti, skaičiuoti. Šio darbo dažniausiai imdavosi liaudies švietimui atsidėjusios panelės arba šie tiek skaitymą ir raštą išmanantys vyresni žmonės.
Caro administracija buvo informuota, kad slaptai veikiančios mokyklos buvusios ir Ukmergės apskričiai priklausiusiuose Kaniūkų, Degėsių, Mažionių, Puodžių kaimuose. Kauno liaudies mokyklų direkcija 1877 m. gegužės 12 d. pranešime, atsižvelgdama į gautus raportus apie slaptas mokyklas, neatidėliodama su attinkamų apskričių ispravninkais ėmėsi priemonių del slaptųjų mokyklų uždarymo ir kaltininkų už jų laikymą nubaudimo. Valstiečiai tokias mokyklas rūpestingai slėpdavo. 1892 m. caras patvirtino laikinąsias taisykles dėl baudų už slaptą mokyma. Už tokiu mokyklų steigimą bei laikymą ar mokymą jose be vyriausybės leidimo nusikaltusieji buvo baudžiami piniginėmis baudomis iki 300 rublių arba areštu iki 3 mėnesių.
Nepaisant to, slaptosios mokyklos ir Užpalių krašte gyvavo. Kaip prisimena seniausi vietiniai gyventojai savo tėvų pasakojimus, daraktorinė mokykla Vilučiuose veikusi apie 1890 m., ten vaikus mokę daraktoriai Alžbieta Ingaunaitė iš Užpalių miestelio, Adolfas Kusta iš Kustų kaimo. Senieji šio krašto žmonės minėdavę ir daraktores Agniešką Stasiškaite iš Tervydžių bei Aldoną Veroniką Seduikaitę iš Pladiškių.
Kišūnų kaimo vaikai slapta buvę mokomi taip pat nuo XIX a. pabaigos. Daraktoriumi čia buvęs Petrulis iš Žliubų kaimo. Gailiešionių bei Ubagų kaimo vaikus apie 1890 m. mokęs Jurgis Braukyla iš Vešeikių.
Kituose kaimuose, taip pat ir Užpaliuose, slaptosios mokyklos kūrėsi kiek vėliau, bet išsilaikė ir Pirmojo pasaulinio karo metais. Užpalių krašto kaimuose, be anksčiau minėtų daraktorių, vaikus mokė Kažukauskaitė iš Narbučių, Ignas Slapšys iš Toleikių. Aleksas Indriūnas iš Kušnieriūnų, Juozas Žvironas iš Galinių ir kt.
Užpalių miestelyje XX a. pradžioje švietėjišką darbą dirbo Kaziunė Kasarskaitė, Juzefa Grigaitė, Alžbieta Ingaunaitė, Anelija Kučinskaitė.
Viena daraktorinė mokyklėlė buvo špitolės antrojo aukšto kambaryje, kita - Astiko gatvėje ties dabartiniu namu Nr. 29, trečia - Alaušo gatvėje Nr. 18, ketvirtoji - K. Pakšto gatvėje, ties dabartiniu namu Nr. 24.
Mokymas daraktorinėse mokyklose nebuvo aukšto lygio, nes mokė asmenys, neturėję didesnio išsilavinimo. Stigo mokymo priemonių, ypač elementorių. Vaikai turėdavo mokytis skaityti ne sąmoningai, o mechaniškai. Skaityti buvo mokoma slebizavimo metodu - žodžius dėdavo skiemenuodami, pvz., k-a=ka, t-ė=tė: katė: m-a=ma, m-a=ma: mama... Buvo mokoma ir aritmetikos veiksmų: sudėties, atimties, daugybos ir dalybos.
Patalpose jokių specialių baldų nebuvo. Trobos viduryje - didelis stalas, aplink - ilgi suolai. Vaikai čia ir susėsdavo. Jie turėdavo maldaknygę ar elementorių, marmurines lenteles ir grifelius bei skaitomo teksto eilutėms vedžioti „discipulką". Tai būdavo dailiai nudrožti pagaliukai arba žąsies plunksnos, kurias mirkydavo raudonųjų burokėlių rašale, kad būtų gražesnės.
Daraktorė paprastai sėdėdavo stalo gale ir verpdavo ar megzdavo. Vienas mokinys, atėjęs prie jos, paskaito, kas buvo užduota, ir eina sėstis į galą. Skaito kitas. Ir taip visi iš eilės, pašliauždami suolu, artėdavo prie „tetulės" ar „dėdės" ir parodydavo, ką išmokę. Neišmokus tekdavo kartoti, mokytis iš naujo. Už išdykavimą buvo baudžiama: tai kliūdavo „pletne" per pečius, tai tekdavo su knyga atsiklaupti, tai poterius kalbėti...
Nepaisant daraktorinių mokyklų darbo trūkumų, jos mūsų tautos istorijoje paliko ryškių pėdsakų. XIX a. pabaigoje ir XX a. pradžioje buvo gyvas lietuvių užpalėnų pasiryžimas ginti šventą teisę - mokyti vaikus gimtąja kalba.
Nuo 1905 m. valdinėse mokyklose buvo leidžiama dėstyti lietuvių kalbą, kaip atskirą dalyką, po 2-3 valandas per savaitę. Tačiau dėstymo lygis buvo labai žemas, nes čia dirbę daugiausia rusai mokytojai lietuvių kalbos nei mokėjo, nei stengėsi išmokti. Todėl dauguma vietinių gyventojų nenorėjo leisti savo vaikų į valdiškas mokyklas ir buvo linkę geriau pramokyti skaitymo ar rašto namuose, daraktoriams padedant. Todėl daraktorinės mokyklos ir išsilaikė iki pat Pirmojo pasaulinio karo pabaigos.
Tiesa, pasibaigus lietuvių spaudos draudimui, 1908 m. įkurta „Saulės" draugijos mokykla. Tai pirmoji legali lietuviška mokykla. Joje mokydavosi apie 50 mokinių. 1910 m. ėmė veikti mergaičių pradinė mokykla. Tačiau ji gyvavo vos vienus metus. Įdomu, kad Užpalių žydų porekiams tenkinti nuo 1916 m. iki 1941 m. veikė pradinė mokykla, kurioje buvo dėstoma hebrajų kalba.
Užpalių pradinės mokyklos šaknys siekia XVIII a. pabaigą. Tačiau jos švietėjiška veikla tai nutrūkdavo, tai vėl būdavo atnaujinama. Pagaliau 1915 m, spalio 1 d. buvusios rusiškos mokyklos bazėje vietinių kunigų kunigų rūpesčiu įsteigta lietuviška pradinė keturių skyrių mokykla. Jos vedėja - Anelė Adomavičaitė, mokytojai Veronika Gaigalytė ir Pranas Gipiškis.
Kaimų mokyklos pradėtos kurti XX a. pirmaisiais dešimtmečiais, pavyzdžiui, Abromiškio - 1909 m., Kišūnų - 1911 m., Užpalių - 2-oji pradinė (žydų) mokykla - 1916 m., Vaiskūnų - 1922 m., Norvaišių - 1926 m., Kušnieriūnų - 1927 m., Mikėnų - 1933 m. ir t.t.
1921 m. sausio 7 d. Užpaliuose įvyko susirinkimas, kuriame dalyvavo apie 150 šio valsčiaus piliečių. Jie pageidavo, kad Užpaliuose būtų įsteigta progimnazija, Išrinktas steigėjų komitetas, į kurį įėjo J. Vaitonis. J, Seibutis, J. Gureckas, A. Bružas, P. Melaikis, F.Balčiūnas, I. Repšys. Iš Švietimo ministerijos gautas raštas, kuriame nurodyta, jog nuo 1921-1922 m. m. pradžios leidžiama Užpaliuose atidaryti privačią keturių klasių vidurinę mokyklą.
Steigėjų komitetui atsirado daugybė darbų ir rūpesčių: surinkti mokinių kontingentą, organizuoti aukų rinkimą, gaminti mokyklai reikalingus baldus, suremontuoti buvusio dvaro rūmus, nes 1914-1918 m. čia stovėję kaizerinės vokiečių kariuomenės daliniai pastatą buvo labai nuniokoję.
1921-1922 m. m. veikė tik I ir II klasės, o kitais metais jau buvo visos keturios.
Remontą savo lėšomis ir jėgomis atliko būsimosios mokyklos mokinių tėvai ir mokytojai. 1921 m. priešais pagrindinį pastato fasadą vietoj kadaise, dvaro laikais, buvusių gėlynų nutiesta gatvė, paklotas šaligatvis.
Pagrindinės mokyklos pajamos - mokestis už mokslą ir egzaminus. Tai buvo lėšos ir mokytojų algoms, ir mokymo priemonėms, ir inventoriui įsigyti. Nenuostabu, kad išlaidos viršijo pajamas - mokykla buvo priversta imti paskolą. Nutarta didinti mokesti už mokslą. 1922 m. rugsėjo 9 d. nutarimu nustatyta: 10 pūdų rugių už vienus mokslo metus. Nuo mokesčio už mokslą buvo atleista tik 10 proc. neturtingų mokinių.
Visuotinis tėvų susirinkimas ir Užpalių valsčiaus taryba rašė prašymus Švietimo ministerijai suvalstybinti Užpalių vidurinę keturių klasių mokyklą, motyvuodami tuo, jog mokiniai čia ateina ne tik iš Užpalių valsčiaus, bet iš kur kas platesnės apylinkės, o išlaikymo našta gula tik ant užpalėnų pečių. Po keleto pakartotinių prašymų 1925 m. sausio 1 d. mokykla buvo suvalstybinta. Jos finansinė būklė pagerėjo.
Per visą progimnazijos gyvavimo laiką (1921-1935) jai vadovavo trys direktoriai: Pranas Gipiškis (1921-1924), Juozas Blaževičius (1924-1928) ir Petras Misevičius (1928-1935). Pirmieji mokytojai - Petras Rapševičius, Sofija Pelėnaitė, Balys Tarvydas, kapelionas Anupras Bardauskas. Vėlesniais metais mokytojų kolektyvas darėsi šiek tiek gausesnis: dažniausiai dirbdavo septyni mokytojai. Jie turėdavo nemažą pedagoginį krūvį ir gaudavo neblogus atlyginimus.
1921-1922 m. m. pabaigoje mokyklą lankė 111, o kitais metais - jau 171 mokinys. Padidinus mokestį už mokslą, mokinių sumažėjo, todėl buvo priimta ir vyresnio amžiaus merginų bei vaikinų. Taigi mokiniai buvo labai nevienodo amžiaus - nuo 10 iki 21-26 metų. Dauguma buvo lietuviai, bet mokėsi ir vienas kitas rusų ar žydų tautybės vaikas.
1928 m. Lietuvos nepriklausomybės dešimtmečio proga paskelbtas privalomojo pradžios mokslo įstatymas. Tačiau jį įgyvendinti nebuvo lengva. Daugelis tėvų į privalomą mokymą žiūrėjo atsainiai: vaikas pramoko pasirašyti, paskaito - ir gana, tegu duoną užsidirba...
Šešių skyrių pradinė mokykla Užpaliuose įsteigta 1934-1935 m. m. ir išliko iki 1943-1944 m. m. pabaigos. 1944-1945 m. m. mokykla buvo pertvarkyta: palikta keturių klasių pradinė mokykla ir atidaryta progimnazija.
Darbo sąlygos pirmąjį nepriklausomybės dešimtmetį buvo labai sunkios: šaltos patalpos, malkų stygius, pastatas aptriušęs. Kiekviename žingsnyje - karo palikimas: išdaužyti langai, išlūžusios grindys, kiauras stogas, nešildančios krosnys... Neužteko suolų, trūko drabužių pakabų, Apsišviesdavo žibalinėmis lempomis.
Be to, buvo nemažai neturtingų šeimų, ypač daugiavaikių, neišgalinčių leisti visų vaikų į mokyklą. Todėl buvo tikrinami mokiniu sąrašai ir išrenkami tie vaikai, kuriems ypač reikalinga materialinė parama. Šelpimo lėšos buvo labai kuklios. Mokyklos vedėjai, ypač Sofija Barisaitė, nuoširdžiai ieškojo būdų, kaip padėti neturtingiems. Pradėta kasmet rengti mokinių vaidinimus, iš kurių gautas pelnas buvo skiriamas mokiniams šelpti. Tuo pat tikslu buvo organizuojamos loterijos, prie kurių rengimo prisidėdavo ir dalis tėvų, aukodami vienokius ar kitokius daiktus. Rinkta aukos įvairių švenčių bei gegužinių metu. Šiek tiek lėšų neturtingiems mokiniams šelpti skirdavo ir valsčiaus savivaldybė.
Daug rūpesčių kėlė vaikų sveikatingumas. Esant blogom, gyvenimo ir mokymosi sąlygoms, sergamumas buvo labai didelis: plito trachoma, mažakraujystė, siautėjo gripo ir kitos epidemijos. Dėl to, pavyzdžiui, 1930-1931 m. m. mokyklos negalėjo lankyti net trys ketvirtadaliai mokinių.
Pedagogų kadrai Užpalių pradinėje mokykloje nuolat keitėsi: vieni atvažiuodavo, kiti išvykdavo. Keitėsi ir mokyklos vedėjai. 19154910 m. Užpalių pradinės mokyklos vedėjais dirbo: Anelė Adomavičaitė (19154919), Veronika Augulytė (1919-1921), Mykolas Varnas (1921-1924), Jonas Maceika (1924-1930), Sofija Barisaitė (1930-1935), Feliksas Karpevičius (1935-1940), Sofija Barisaitė (1940-1941), Vincas Rakauskas (1941-1942), Juozapas Namikas (1942-1944), Alfonsas Baniūnas (1944-1945), Sofija Barisaitė (1945-1948), Vladas Skardžius (1948-1950).
Geras mokytojų pagalbininkas sprendžiant įvairius klausimus buvo mokyklos tėvų komitetas. Jo nariais buvo renkami aktyviausi, šviesiausi, pagarbos nusipelnė žmonės. Pavyzdžiui, 1921 m. įkomitetą išrinkti Jonas Gureckas, Dominykas Dragas, Juozas Vilulis, Anlanas Bružas, Barbora Remeikienė. Vėlesniais melais uolūs mokyklos talkininkai buvo Natalija Milienė, Grasia Masiulienė, Povilas Vaškelis, Povilas Melaikis, Feliksas Kaunelis, Ulia Narbutienė, Antanas Velutis, Petras Abukauskas, Justinas Abelinskas ir kt. Tėvų komiteto pirmininkais dirbo Jonas Pūkas, Jurgis Pranskūnas, Juozas Seibutis, Kazys Sruoga, Antanas Tarvydas, Juozas Tarvydas ir kt.
Tėvų komitetas rūpinosi mokyklos remontu, mokymo priemonių įsigijimu. Nelaimingų atsitikimų atvejais stengdavosi padėti nukentėjusiam mokiniui, būdavo mokykloje organizuojamų švenčių iniciatorius bei dalyvis. Be to, bendromis tėvų komiteto ir mokytojų pastangomis pradėtas pedagoginis tėvų švietimas. Tėvų susirinkimų metu buvo skaitomos paskaitos vaikų auklėjimo, švaros, antialkoholine ir kitomis temomis.
1928 m. tėvų komiteto iniciatyva buvo įrengta darbo klasė. Vyko varžytuvės, kas pagamins darbo klasei reikalingus įrankius (stalus, varstotą, spintą, įvairaus didumo kaltus, pjūklus, oblius, stakleles knygoms įrišti ir kt.). Varžėsi trys meistrai: Jonas Lungevičius, Jonas Sirvydis ir Alteras Šklederavičius. Laimėjo Puodžių kaimo meistras Jonas Lungevičius. Jis už mažiausią kainą pagamino medžio darbų bei knygrišystės įrankius.
Užpaliuose buvo organizuojamas ir suaugusiųjų švietimas. Viena tokio švietimo formų - tai vyskupo M. Valančiaus liaudies universiteto Užpalių skyriaus senato veikla, pradėta 1928 m. Senato rektorius P. Graužinis organizavo paskaitas du kartus per savaitę po 2-3 valandas.
1928 m. rudenį pradėjo veikti ir suaugusiųjų kursai. Atsirado beveik trisdešimt norinčių mokytis užpalėnų. Tai buvo daugiausia 16-20 melų jaunimas. Kursuose buvo mokoma gimtosios kalbos, skaičiavimo, istorijos, geografijos, gamtos mokslo. Su kursų dalyviais dirbo mokytojai J. Mačeika ir A. Patumsis. Gaila, kad šie kursai dėl lėšų stokos veikė tik vienus metus ir užpalėnams, nebaigusiems pradinės mokyklos, nebebuvo galimybės bet tokiu būdu toliau šviestis ir lavintis.
Veikli, energinga Kušnieriūnų pradinės mokyklos mokytoja Elžbeta Riaubytė organizavo vakarinius kursus, kuriuose kaimo moteris mokė siūti, kepti, virti, megzti. Buvo suorganizavusi rankdarbių bei įvairių maisto gaminių iš daržovių parodą.
E. Riaubytė turbūt ir tebuvo vienintelis ano meto žmogus, kuris rūpinosi kaimo moterimis.
1928 m. birželio 6 d. Ministerių kabineto nutarimu nuo 1928 m. rugpjūčio 1 d. uždaryta 14 vidurinių mokyklų. Mažinimo tendencija palietė ir Užpalius. Nuo 1933 m. rugsėjo 1 d. nebeveikė I klasė, kitais metais - ir II klasė. 1935 m. Užpalių keturių klasių mokykla buvo uždaryta.
Visą laiką mokykloje drausmės klausimams buvo skiriamas rimtas dėmesys. Tėvų komiteto buvo nustatyta, jog mokiniams po miestelį galima vaikščioti tik iki 9 val. vakaro, griežtai draudžiama dalyvauti jaunimo vakarėliuose, vestuvėse. Buvo rūpinamasi anitalkoholine propaganda. Vis dėlto nusikaltimų pasitaikydavo. Kadangi mokiniai buvo įvairaus amžiaus, tai ri nusikaltimų pobūdis būdavo nevienodas: nuo vaikiškų išdykavimų iki mokyklos nustatytos tvarkos nesilaikymo: išgėrinėjimo, lošimo kortomis, rūkymo ir pan. Padarę didesnius nusikaltimus, moksleiviai buvo net šalinami iš mokyklos.
Dėmesys buvo skriamas ir mokinių išvaizdai. Buvo nustatytos tam tikro pavyzdžio uniformos, privalomos visiems gimnazijos bei progimnazijos moksleiviams, 1934 m. įvesta vasaros uniforma.
1944-1945 m.m. Užpaliuose pradėjo veikti progimnazija, ją lankė 133 mokiniai. Direktoriumi paskirtas Feliksas Pečiūra. Jam teko atlikti didelį mokyklos atidarymo darbą, be to, suburti mokytojų kolektyvą.
1947 m. progimnazija pertvarkyta į gimnaziją. 1948-1949 m.m. išleista pirmoji abiturientų laida. 1949-1950m. gimnazija sujungta su pradine - suformuota vidurinė mokykla, kuriai 1947-1997m. vadovavo 7 direktoriai: Steponas Matulis (1947-1948), Vaclovas Cicėnas (1948-1949), Jonas Vitkūnas (1949-1951), Povilas Merkys (1951-1953), Stasys juška (1953-1965), Stasys Dudėnas (1965-1991), o nuo 1991 metų - Giedrius Indrašius.
Praėjęs frontas paliko liūdnų pėdsakų ir mokykloje. Pastatas buvo be langų, išlaužytomis durimis, suolai kareivių sukūrenti...
Tėvų komiteto pirmininkas Antanas Vanagas organizavo mokyklinių suolų gaminimą, Kaip prisimena Seimo narys A. Stasiškis, 1944-1945 moklo metais sėdėjęs pirmoje progimnazijos klasėje „savame suole" su B. Gražiu. Suolus tėvai gamindavo patys ar užsakydavo staliui. Todėl suolai buvo jvarios konstrukcijos, kokybės ir išvaizdos. Mokykla kurj laiką dirbo dviem pamainomis, klasės buvo keliuose pastatuose. Per šalčius sustingdavo rašalas, vaikai ir pamokose negalėdavo apsieiti be pirštinių. Apie mokyklines uniformas pirmajame pokario metų dešimtmety niekas nė svajoti nesvajojo Klasėse vaikai sėdėdavo su palteliais, kailinukais. Trūko vadovėlių bei sąsiuvinių. O rašyti, ypač aukštesnėse klasėse, tekdavo daug, nes mokytojai diktuodavo, mokiniai užsirašydavo.
Užpustytais ar nuo rudens darganų patižusiais keliais vaikai pėsti traukdavo j mokyklą net keletą kilometrų. Tik retkarčiais tėvai, pakinkęs arkliuką ir susodinęs į roges būrį vaikų, pavėžėdavo. Mokykla iki 1957-1957 m. m. bendrabučio neturėjo, todėl tolimesnių kaimų mokiniai žiemos metu prisiglausdavo pas miestelio gyventojus. Už tai tėvai mokėdavo natūra: grūdais, lašiniais, sviestu ir pan. Būtinai turėdavo atvežti vežimą malkų, parūpinti vaikui visai savaitei maisto.
Apie 1960 metus pradėtas suaugusiųjų švietimas - veikdavo po 2-3 vakarinės mokyklos klases, kuriose mokėsi keliolika mokinių. Buvo dirbama 4-5 dienas per savaitę.
Atnaujintas beraščių ir mažaraščių mokymas. Bet tai buvo daugiau formali veikla, gal tik vienas kitas šiek tiek daugiau prasilavino
Ilgą laiką mokykla dirbo sunkiomis sąlygomis, klasės buvo įsikūrusios aplūžusiuose dvaro pastatuose. Sporto salės, kitų patalpų, išskyrus mokytoju kambarį, nebuvo. Tuometinis mokyklos direktorius St. Dudėnas dėjo daug pastangų, kad 1965 metais butų pastatytas atskiras priestatas. Sąlygos pagerėjo. Tačiau, laikui bėgant, uždarius Gaižiūnų, Abromiškio, Žaibiškių pradines mokyklas bei Ilčiukų ir Vilučių aštuonmetes, mokinių skaičius labai išaugo. Pvz., 1975-1976 m. m. buvo 18 klasių, kuriose mokėsi 546 mokiniai. Vėl tapo ankšta. Todėl 1980 m. pastatytas naujas priestatas su sporto sale, valgykla ir kitomis patalpomis, Taip Užpaliuose išaugo nauja mokykla, nors sovietmečiu, ypač brežneviniu laikotarpiu, naujų mokyklų statyti nebuvo leista. Sąlygos iš esmės pasikeitė, tačiau mokinių skaičius mažėjo. Pvz., 1987-1988 m. m. buvo tik 228 mokiniai. Neliko paralelinių klasių. 1988 m. rugsėjo 1 dieną buvo prijungtos Ilčiukų ir Norvaišių pradinės mokyklos. Jos tapo Užpalių vidurinės mokyklos klasėmis.
Mokykla per savo gyvavimo laikotarpį iki 1998 m. pavasario išleido 50 laidų. Iš viso 1071 abiturientą, tarp jų 7 aukso ir 12 sidabro medalininkų. 1998 m. Užpalių vidurinę mokyklą baigė jubiliejinė 50-oji abiturientų laida.
Pagal Stanislovo Balčiūno ir Vandos Kuliešienės knygą „Užpaliai mūsų svajonių kraštas" (1999 m.)
2005 m. rugsėjo 1 d. Užpalių vidurinė mokykla tapo gimnazija.